На свежих RouterOS 7 в L2TP появилась опция Random Rource Port которая помогает работать нескольким IPsec за одним NAT.
/interface l2tp-client
add connect-to=ip.address name=l2tp-out1 random-source-port=yes use-ipsec=yes user="\CB\EE\E3\E8\ED"
L2TP Random Rource Port