Если на обоих сторонах есть статический белый IP адрес, то можно, скорее даже нужно использовать GRE.
Использовать или не использовать IPsec зависит от мощности устройства и типа передаваемой информации.
Профессиональная настройка MikroTik
Без предоплаты
Telegram: @Engineer_MikroTik
Если устройство не поддерживает аппаратный IPsec, то процессор почти всегда будет загружен на 100%. Если информация передается не важная, например видеотрафик с камер или зашифрованные соединения, например SSH, то шифровать не имеет смысла.
Для домашнего использования и небольших офисов рекомендую hAP AC2.
Для крупных офисов RB4011 и выше.
Легенда
Имеется 2 офиса с MikroTik, сети которых нужно соединить.
Офис 1 имеет белый IP 1.1.1.2 через PPPoE, адресация офиса 192.168.44.0/24
Офис 2 имеет белый IP 2.2.2.2 через IPoE, адресация офиса 172.16.0.0/24
Настройка GRE

На 1 стороне создаем подключение, где указываем:
Local Address: IP адрес с которого подымаем соединение
Remote Address: IP адрес до которого подымаем соединение
IPsec Secret: пароль для шифрования GRE
Keepalite: проверка жизни канала. 3 раза через 3 секунды
Так же нужно подобрать значение MTU. Для разных соединений оно отличается, с двух сторон должно быть одинаковым
/interface gre
add allow-fast-path=no ipsec-secret=12345678 keepalive=3s,3 local-address=1.1.1.2 mtu=1380 name=GRE_WAN1 remote-address=2.2.2.2

/interface gre
add allow-fast-path=no ipsec-secret=12345678 keepalive=3s,3 local-address=2.2.2.2 mtu=1380 name=GRE_WAN1 remote-address=1.1.1.2
В данном примере 1 провайдер PPPoE, 2 провайдер IPoE, MTU я выставил 1380

На основе этих правил можно сделать IPsec на сертификатах
IP адресация на GRE
Нужно повесить IP адреса на созданные GRE интерфейсы
Использовать нужно /32 маску, так как участвуют только 2 стороны.

172.29.255.2/32
172.29.255.1/32
/ip address
add address=172.29.255.2 interface=GRE_WAN1 network=172.29.255.1

172.29.255.1/32
172.29.255.2/32
/ip address
add address=172.29.255.1 interface=GRE_WAN1 network=172.29.255.2
Проверим как проходит ICMP
ping 172.29.255.1
ping 172.29.255.2
Если ping не проходит, нужно разрешить ICMP в firewall и проверить еще раз.