MTU для туннелей высчитывается в зависимости от используемой инкапсуляции, вычитывается размер PPP, IPsec, для этого даже есть сайт калькулятор.
Но не всегда высчитывать удобно и верно, проще проверить опытным путем с помощью PING до противоположного конца туннеля, предварительно сделав туннель 1500 байт

ping 172.31.240.1
ping 172.31.240.1 do-not-fragment
[WinBox@m.Pavlono] > ping 172.31.240.1 do-not-fragment size=1500
  SEQ HOST                                     SIZE TTL TIME       STATUS                                                                                                                                                                                  
    0                                                              packet too large and cannot be fragmented                                                                                                                                               
    1                                                              packet too large and cannot be fragmented                                                                                                                                               
    2                                                              packet too large and cannot be fragmented                                                                                                                                               
    sent=3 received=0 packet-loss=100% 

[WinBox@m.Pavlono] > ping 172.31.240.1 do-not-fragment size=1500
  SEQ HOST                                     SIZE TTL TIME       STATUS                                                                                                                                                                                  
    0 172.31.240.1                             1500  64 45ms418us 
    1 172.31.240.1                                                 timeout                                                                                                                                                                                 
    2 172.31.240.1                                                 timeout                                                                                                                                                                                 
    3 172.31.240.1                                                 timeout                                                                                                                                                                                 
    4 172.31.240.1                                                 timeout                                                                                                                                                                                 
    5 172.31.240.1                                                 timeout                                                                                                                                                                                 
    6 172.31.240.1                             1500  64 45ms679us 
    7 172.31.240.1                                                 timeout                                                                                                                                                                                 
    8 172.31.240.1                             1500  64 45ms325us 
    9 172.31.240.1                                                 timeout                                                                                                                                                                                 
   10 172.31.240.1                                                 timeout                                                                                                                                                                                 
   11 172.31.240.1                             1500  64 45ms133us 
   12 172.31.240.1                                                 timeout                                                                                                                                                                                 
    sent=13 received=4 packet-loss=69% min-rtt=45ms133us avg-rtt=45ms388us max-rtt=45ms679us
Я всегда использую MTU 1400, на современных скоростях и маршрутизаторах выкраивание MTU в упор приводим к неожиданным проблемам на туннелях через Интернет, когда промежуточный провайдер ужмет MTU ниже вашего.
